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全自动稀少细胞检测系统 (Rare Cell Detection)可以对玻片上的稀有细胞自动扫描，识别，计数，统计等，可应用到不同的染色方法中。
例如针对精子细胞的“Christmas Tree（圣诞树）” 染色，以及专门的荧光标记染色。经Metafer自动扫描、识别到的稀有细胞（精子）会储存到图库中，所有细胞在玻片上的坐标会自动记录方便再次定位。细胞的排序方式可根据不同条件改变，方便快速挑选到有用的细胞子群。检测到的细胞可以在显示屏中直接观看，也可以重定位在显微镜中观察。
应用于精子细胞检测：我们称之为“自动化精子扫描系统”，它能有效地判断性侵犯罪。Metafer会自动识别法医样本中的精子及其在玻片上的位置， 然后精子在玻片上的坐标可传送到PALM激光显微切割平台上进行准确的切割切割、捕获，用于下游DNA STR实验。
在司法鉴定中，人眼识别经 “Christmas Tree” (圣诞树)染色后的精子是现在最可靠判断精液存在与否的方法。
“Christmas Tree” 染色需要用到两种染色剂。第一种是Picroindigocarmine，它会将精子的颈部及尾部染成绿色及蓝色。另一种是Nuclear Fast Red (也称为Kernechtrot) ，它会将精子头部及头部顶端 (Acrosomal Cap) 分别染成红色及粉红色。 Metafer 会根据这种染色模式寻找精子，识别到的精子会储存到图库中并根据品质来排列。
从受害者的检材中分离出的精子细胞是确认罪犯基因图谱的重要来源。利用蔡司PALM激光显微切割系统，能把精子从其他细胞中分离，提高检测效率。但在现实中，精子在样本中的数目非常稀少，而且通常夹杂在凌乱的背景及其他细胞中。因此，传统用人眼在显微镜下识别精子的方法往往十分困难，不足以解决众多的案件。
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